Organizaciona struktura Zavoda definisana je Pravilnikom o unutrašnjoj organizaciji Zavoda za zaštitu zdravlja Sombor. Ovim dokumentom definisane su organizacione jedinice i rukovođenje u Zavodu.
Centar za promociju zdravlja, analizu, planiranje i organizaciju zdravstvene zaštite, informatiku i biostatistiku u zdravstvu
Odsek za analizu, planiranje i organizaciju zdravstvene zaštite, informatiku i biostatistiku u zdravstvu;
Odsek za promociju zdravlja
Načelnik Centra
Glavni tehničar Centra
Centar za mikrobiologiju
Odeljenje kliničke mikrobiologije
Odsek imunoserologije
Odsek bakteriologije
Odsek parazitologije sa mikologijom
Odeljenje sanitarne mikrobiologije
Odsek pripremanja hranjivih podloga i kontrole kvaliteta u laboratoriji
Načelnik Centra za mikrobiologiju, Rukovodilac Odeljenja kliničke mikrobiologije, Rukovodilac referentne laboratorije za meningokok i hemofilus
Rukovodilac Odeljenja sanitarne mikrobiologije
Glavni tehničar Centra
Centar za higijenu i humanu ekologiju
Odeljenje higijene i zaštite životne sredine
Odeljenje hemijsko – toksikološke laboratorije
Načelnik centra
Glavni tehničar Centra
Rukovodilac Odeljenja hemijsko – toksikološke laboratorije
Centar za kontrolu i prevenciju bolesti
Odsek nezarazne epidemiologije
Odsek zarazne epidemiologije
Odsek sanitarnih pregleda i ddd-a
Načelnik centra
Glavni tehničar Centra
Služba za pravne, ekonomsko-finansijske, tehničke i druge slične poslove
Odeljenje za pravne, tehničke i druge slične poslove
Odeljenje za ekonomsko–finansijske poslove
Rukovodilac Odeljenja za pravne, tehničke i druge slične poslove
Rukovodilac Odeljenja za ekonomsko-finansijske poslove
Glavni tehničar Službe